Eurodeputaţii încasează o indemnnizaţie lunară netă de la Parlamentul European de aproximativ 7.000 euro. Ei mai primesc în jur de 25.000 de euro pentru plata salariilor colaboratorilor. De asemenea, la împlinirea vârstei de 63 de ani, euroaleşii primesc şi pensie din bugetul instituţiei.
Salariul brut lunar al unui europarlamentar, conform Statului unic, este de 8.757 euro pe lună, achitat din bugetul Parlamentului European, potrivit datelor prezentate pe site-ul instituţiei. Toţi eurodeputaţii plătesc un impozit comunitar şi contribuţii la fondul de asigurări sociale, astfel acestora le rămâne lunar un salariu net de 6,824 euro. Cele mai multe state membre ale UE îi obligă pe europarlamentari să să plătească un impozit naţional suplimentar în ţara lor de origine. Prin urmare, indemnizaţia finală, după impozitare a unui deputat european depinde de normele fiscale din statul membru de origine.
Salariul de bază al unui deputat în PE este stabilit la 38,5 % din salariul de bază al unui judecător al Curţii Europene de Justiţie. Astfel, euroaleşii nu decid şi nu pot stabili cuantumul indemnizaţiei lor.
Au fost şi câteva excepţii de la Statutul unic care reglementează salariile eurodeputaţilor. Deputaţii europeni care au deţinut un mandat în PE înaintea alegerilor din anul 2009 au avut opţiunea de a menţine salariul, acelaşi ca al deputaţilor naţionali, indemnizaţia tranzitorie şi pensiile prevăzute de sistemul naţional anterior pe întreaga durată a mandatului lor.